Người đại diện cao nhất của Giáo hội Phật giáo Việt Nam về mặt giới luật (đạo pháp) là Pháp chủ Hội đồng Chứng minh, thường gọi tắt là Pháp chủ. Từ khi thành lập, đã có ba vị Pháp chủ:

• Đệ nhất Pháp chủ là Đại lão Hòa thượng Thích Đức Nhuận (1897 - 1993) tại vị từ năm 1981 đến năm 1993;
• Đệ nhị Pháp chủ là Đại lão Hòa thượng Thích Tâm Tịch (1915 - 2005) tại vị từ năm 1997 đến năm 2005;
• Đệ tam Pháp chủ là Đại lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ (1917 -) tại vị từ năm 2007 đến nay.

Chủ tịch Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam là người thay mặt Giáo hội về mặt pháp lý Nhà nước trong mối quan hệ của Giáo hội ở trong nước và ở nước ngoài. Từ khi thành lập, có ba vị Chủ tịch Hội đồng Trị sự:

• Hòa thượng Thích Trí Thủ từ năm 1981 đến năm 1984;
• Hòa thượng Thích Trí Tịnh từ năm 1984 đến năm 2014;
• Hòa thượng Thích Thiện Nhơn từ năm 2014 đến nay